Search In this Thesis
   Search In this Thesis  
العنوان
Development and application of a multiplex PCR method for detection of prevalent enteric protozoa in ‎some vegetables \
المؤلف
Ibrahim, Fatma El-zahraa Ramadan Saleh.
هيئة الاعداد
باحث / فاطمة الزهراء رمضان صالح إبراهيم
مشرف / أمين عبد الباقي عاشور
مشرف / محمد إبراهيم سليمان السيد
مشرف / أحمد زكريا سالم الهراوي
تاريخ النشر
2019.
عدد الصفحات
241 p. :
اللغة
الإنجليزية
الدرجة
الدكتوراه
التخصص
علم الحيوان والطب البيطري
تاريخ الإجازة
22/7/2019
مكان الإجازة
جامعة عين شمس - كلية العلوم - علم الحيوان
الفهرس
Only 14 pages are availabe for public view

from 241

from 241

Abstract

تضمنت الدراسة الحالية 110 عينة خضروات تم جمعها من الحقول الزراعية من منطقتي ناهيا وصفت اللبن في محافظة الجيزة بمصر و 109 عينة خضروات تم جمعها من السوق و 36 عينة مياه ري (مياه جوفية ومياه سطحية) من نفس الحقول الزراعية التي تم تجميع الخضروات منها.
تم تجميع عينات الخضروات الطازجة (500 جم لكل منها) بشكل منفصل ثم غسلها مرتين بالمياه المعقمة. تم تجميع عينات مياه الري في أوعية من البولي بروبيلين سعة الوعاء الواحد 20 لتر. تم تقسيم كل عينة الي نصفين متساويين. الجزء الأول للفحص المجهري والجزء الثاني لتقنيات ال PCR. تم ترشيح جميع عينات مياه الري والمياه الناتجة من غسل الخضروات ثم تدويرها بجهاز الطرد المركزي والحصول علي الراسب ثم تم تعريض الراسب للتعويم عن طريق إعادة التعليق في محلول ملحي مركز من كبريتات الزنك. تم تجميع النقطة العلوية للعينة من الانبوب المعلق بالمحلول الملحي كجزء أول ثم فحصها مجهريا بعد صبغها بواسطة صبغة الأيودين , أما الجزء الثاني من العينة الأخري تم فحصها بواسطة صبغة AFT.
تم استخدام سلالات كنترول ايجابية لكل من Cryptosporidium parvum وmicrosporidia (Encephalitozoon intestinalis) و Entamoeba histolytica وذلك كعينات في تفاعلات البلمرة المتسلسل (uniplex PCR) وذلك للحصول علي أفضل عوامل مناسبة لتركيب وتقنين وإجراء تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد لأنواع البروتوزوا المعوية الثلاثة التي ظهرت في العينات باستخدام الميكروسكوب الضوئي. تم حساب حساسية (sensitivity) وخصوصية (specificity) تفاعل البلمرة المتسلسل لكل حمض نووي من العينات المستخدمة كضوابط إيجابية للبروتوزوا. وبعد الحصول علي أفضل الظروف والتركيزات المثلي لتفاعل البلمرة المتسلسل لكل حمض نووي للبروتوزوا الثلاثة تم تطبيق هذه العوامل المشتركة معا لوضع بروتوكول لتفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد (multiplex PCR).
تم حساب خصوصية specificity)) وحساسية (sensitivity) تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد ضد عينات سلبية من الحمض النووي لطفيل Cryptosporidium و Entamoeba histolytica وmicrosporidia.
تم تطبيق إختبار تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد الذي تم تطويره علي جميع عينات الخضروات ومياه الري الإيجابية مجهريا .
وباستخدام الميكروسكوب الضوئي تم الكشف عن 39 عينة إيجابية لأنواع البروتوزوا المعوية بنسبة (35.5 ٪) وذلك من أصل 110 عينة خضروات التي تم جمعها من الحقول الزراعية وحوالي 37 عينة إيجابية بنسبة (33.9٪) من عينات الخضروات التي تم جمعها من السوق و 7 عينات إيجابية بنسبة (19.4٪) كانوا إيجابيين من أصل 36 عينة من مياه الري المجمعة من نفس الحقول الزراعية التي تم تجميع عينات الخضروات منها.
وبالكشفت عن الخضروات التي تم جمعها من بعض الحقول الزراعية في منطقة ناهيا (المروية بالمياه السطحية) هي الأكثر إصابة بالبروتوزا المعوية بنسبة (41.9٪) , تليها منطقة صفط اللبن (المروية بالمياه الجوفية) بنسبة 34.8٪ ومنطقة ناهيا (المروية بالمياه الجوفية) بنسبة (32.1٪).
تم الكشف عن حوالي 50 ٪ من عينات مياه الري السطحي في منطقة ناهيا ملوثة بالبروتوزوا المعوية ، تليها 8.3 ٪ من عينات مياه الري الأرضية في منطقة صفت اللبن، ولم يتم الكشف عن أي تلوث بالبروتووا المعوية في المياه الجوفية في منطقة ناهيا.
وجد أن نبات الشبت أكثر أنواع الخضروات تلوثا بالبروتوزوا المعوية في كل من عينات الخضروات المجمعة من المزارع الحقلية ومن السوق وذلك بنسبة (71.4 ٪ و 66.7 ٪ , على التوالي). بينما كان الخيار هو الأقل تلوثا بالبروتزوا المعوية في كل من المزارع الحقلية ومن السوق وذلك بنسبة (8.3 ٪ و 16.7 ٪ , على التوالي).
وجد أن أعلى معدل لإنتشار البروتوزوا المعوية في الخضروات الحقلية من نوع microsporidia كان بنسبة 18.2% ثم يليها Entamoeba وCryptosporidium بنسب 15.5% و 12.7% , علي التوالي
ومن ناحية أخرى ، تم تسجيل أعلى معدل لانتشار البروتوزوا المعوية على خضروات السوق من نوع microsporidia بنسبة 18.3% يليها Entamoeba و Cryptosporidium بنسبة 15.6% و 6.4% , علي التوالي.
وكان معدل انتشار البروتوزوا المعوية من نوع microsporidia و Cryptosporidium في مياه الري هو نفس النسبة (11.1%), تليها Entamoeba بنسبة انتشار 5.6%.
وفيما يتعلق بالبروتوزوا المعوية فى عينات الخضار من المناطق المختلفة كان أعلي معدل للإنتشار في منطقة صفت اللبن بواسطة microsporidia بنسبة (26.1%) يليها البروتوزوا من نوع Entamoeba و Cryptosporidium بنسبة (13% و 4.3% , علي التوالي). وفي منطقة ناهيا (المروية بالمياه السطحية) ، كان أعلي معدل للإنتشار من جنس Entamoeba بنسبة (25.8%) يليها microsporidia و Cryptosporidium بنسب (19.4% و 12.9% , علي التوالي). وفي منطقة ناهيا (المروية بالمياه الجوفية) ، كان أعلي معدل للإنتشار من نوع microsporidia بنسبة 16.1% يليها Cryptosporidium و Entamoeba بنسبة (14.3% و 10.7%, علي التوالي).
بخصوص عينات مياه الري الجوفية لمنطقة صفت اللبن كان أعلي معدل لانتشار Cryptosporidium و microsporidia بنفس النسبة 8.3% لكن لا وجود ل Entamoeba . وفي مياه الري السطحية لمنطقة ناهيا كان أعلي معدل لانتشار نوعي الميكروسبوريديا و Cryptosporidium بنفس النسبة 25% يليها الانتاميبا بنسبة انتشار 16.7 %.
بالنسبة لأنواع عينات خضار الحقول الزراعية, كان أعلي معدل لإنتشار Entamoeba في عينات البقدونس بنسبة 35.7% و أعلي معدل لإنتشار Cryptosporidium في عينات الشبت بنسبة 42.9% و أعلي معدل لانتشار microsporidia في عينات الخس بنسبة 45.5% .
بالنسبة لأنواع عينات الخضروات المجموعة من السوق , كان أعلي معدل لإنتشار Entamoeba في عينات الشبت بنسبة 33.3% , وأعلي معدل لإنتشار Cryptosporidium في عينات الجزر بنسبة 15.4% , وأعلي معدل لإنتشار microsporidia في عينات الشبت بنسبة 33.3% .
تم تسجيل أعلي معدل لإنتشار البوتوزوا المعوية في خضروات الحقول في فصل الشتاء بنسبة 44.8% , يليه فصول الخريف والربيع ثم الصيف (37% و 31% و 28% , علي التوالي). أما أعلي معدل لإنتشار البوتوزوا المعوية في خضروات السوق كان في فصل الربيع بنسبة 42.9% , يليه الخريف والشتاء ثم الصيف (37% و 33.3% و 22.2% , علي التوالي). وصل أعلي معدل لإنتشار البوتوزوا المعوية في مياه الري في فصول الربيع والشتاء والصيف بنفس النسبة (22.2% لكل منهما) ثم فصل الخريف بنسبة 11.1%.
وفي هذة الدراسة وصلت نسبة خصوصية وحساسية تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد والذي تم تطويره وتقنينه إلي 100% و 96 % , علي التوالي. حيث تم تطبيق تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد والمطور في هذه الدراسة علي جميع عينات الخضروات وعينات مياه الري الإيجابية ميكروسكوبيا وكانت نسبة انتشار البروتوزوا المعوية فيها 42.2% من أصل 83 عينة إيجابية ميكروسكوبيا .
بإستخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد في عينات خضروات الحقول كان أعلي معدل لإنتشار Entamoeba histolytica بنسبة 17.9% , يليه Cryptosporidium و microsporidia بنفس النسبة (15.4% لكل منها). وكان أعلي معدل لإنتشار microsporidia في عينات خضروات السوق بنسبة 18.9% , يليه Cryptosporidium و Entamoeba histolytica بنفس النسبة (10.8% لكل منها) . أما في عينات مياه الري كان أعلي معدل لإنتشار Entamoeba histolytica بنسبة 28.6% , يليها microsporidia بنسبة 14.3% , أما طفيلي Cryptosporidium لم يتم العثور عليه في عينات مياه الري.
وفي منطقة صفت اللبن كان أعلي معدل لإنتشار طفيلي Entamoeba histolytica في عينات الخضروات بنسبة 12.5% ولكن ليس هناك تواجد لانتشار microsporidia أو Cryptosporidium. أما في منطقة ناهيا المروية بالمياه السطحية تم تسجيل أعلي معدل لإنتشار Entamoeba histolytica وmicrosporidia بنفس النسبة (30.8% لكل منها) , يليه طفيلي Cryptosporidium بنسبة 15.4%. أما في منطقة ناهيا المروية بمياه جوفية كان أعلي معدل لإنتشار طفيل Cryptosporidium بنسبة 22.2% , يليه Entamoeba histolytica وmicrosporidia بنفس النسبة (11.1% لكل منها).
وفي مياه الري السطحية لمنطقة ناهيا كان أعلي معدل لإنتشار Entamoeba histolytica بنسبة 33.3% , يليه microsporidia بنسبة 16.7% ولكن لم يتم تسجيل تلوث بطفيلي Cryptosporidium. أما بالنسبة لمياه الري الجوفية لمنطقتي صفت اللبن وناهيا لم يتم تسجيل تلوثها بأي من البروتوزوا المعوية السابقة مطلقا.
ولقد تم تسجيل أعلي معدل لإنتشار Entamoeba histolytica بنسبة 33.3% في عينات الجرجير المجمعة من الحقول , وكان أعلي معدل لإنتشار Cryptosporidium في عينات الفجل بنسبة 50% , أما أعلي معدل لإنتشار الميكروسبوريديا كان بنسبة 50% في عينات الطماطم.
وفي عينات خضروات السوق كان أعلي معدل لإنتشار Entamoeba histolytica و Cryptosporidium بنفس النسبة (50% لكل منها) في عينات الفجل وكان أعلي معدل لإنتشار microsporidia بنسبة 100% في عينات الخيار.
تم تسجيل أعلي معدل لإنتشار Entamoeba histolytica في فصل الشتاء بنسبة 38.5% وذلك في عينات خضروات الحقول وأعلي معدل لإنتشار Cryptosporidium في فصل الخريف بنسبة 30% وأعلي معدل لإنتشار الميكروسبوريديا في فصل الربيع بنسبة 33.3%.
أما في عينات خضروات السوق كان أعلي معدل لإنتشار Entamoeba histolytica في فصل الخريف بنسبة 20% وأعلي معدل لإنتشار Cryptosporidium في الشتاء بنسبة 22.2% وأعلي معدل لإنتشار الميكروسبوريديا في فصل الصيف بنسبة 66.7%.
وفي عينات مياه الري كان أعلي معدل لإنتشارEntamoeba histolytica في فصلي الشتاء والربيع بنفس النسبة (50% لكل منها) وأعلي معدل لإنتشار microsporidia في فصل الصيف بنسبة 50%.