الفهرس 
Table of ContentsOnly 14 pages are availabe for public view
 |  | from | 79 |  |  |
| | | from | 79 | | |
Abstract
الكلبسيلا هي واحدة من البكتيريا المتعايشة التي تسبب العدوى ، بما في ذلك الالتهاب الرئوي والتهاب الضرع وتسمم الدم حديثي الولادة في العجول وتجرثم الدم
والهدف من هذه الدراسة هو
التوصيف الجزيئى لجينات الضراوه والمقاومة للمضادات الحيوية لأنواع الكلبسيلا المعزولة من الماشية في مصر
وتحقق ذلك من خلال :
- عزل وتعريف ميكروب الكلبسيلا من عينات مختلفة في الحيوانات بالطرق التقليدية
- الكشف عن سلالة الكلبسيلا المقاومه للمضادات الحيويه بواسطة اختبار حساسية مضادات الميكروبات (MICRONAUT).
- الكشف عن خصائص تكوين البيوفيلم للسلالات المعزولة
- تطبيق طريقة MALDI TOF لتأكيد تحديد أنواع الكلبسيلا والذى يعتمد على تحليل البروتين
- تحديد نوع الكلبسيلا على مستوى الجين والأنواع والكشف عن الجينات المقاومة لمضادات الميكروبات وجينات المقاومه باستخدام التكنولوجيا الحديثة (WGS).
في هذه الدراسة ، تم عزل 30 معزوله كليبسيلا من 293 عينة مختلفة (لبن ، مسحات أنف ، مسحات الشرج ، مسحات مهبلية) من حيوانات المزرعة المختلفة (الأبقار والجاموس والعجول) بالطرق التقليدية. تم التعرف عليهم بواسطة MALDI TOF. أنهم ;وجائت النتائج كالتالى عدد 24 كليبسيلا و عدد 3كلبسيلا رئويه و عدد3 enterobacter spp.
تم عمل اختبار حساسية المضادات الحيوية ل 27 ميكروب كلبسيلا . اكتشفت سلالات الالتهاب الرئوي باستخدام اختبار حساسية and disc diffusion) (MICRONAUT
وكانت نتائجه كالتالى:
جميع السلالات المعزولة كانت حساسة لعدد 7 من 16 من المضادات الحيوية المختبرة بنسبة (43.75٪) وهم كالتالى أموكسيسيلين / حمض كلافولانيك ، سيفتيوفور ، سيفالوثين ، إنروفلوكساسين ، جنتاميسين ، سبيكتينوميسين ، تريميثوبريم / سلفاميثوكسازول لوحظ مقاومة ، 6 مضادات حيوية فقط ، أي أمبيسيلين إريثروميسين ، تيامولين ، تيلميكوسين ، بنسلين جي ، تولاثروميسين.
اظهرت جميع السلالات حساسية متوسطه للفلورفينيكول باستثناء سلالة واحدة. 85% من المعزولات سجلت حساسية للكوليستين وأظهرت البقية حساسية متوسطة. كانت عشر سلالات مقاومه للتتراسيكلين (6 مقاومة ، 4 متوسطه) والأخرى كانت حساسه للتتراسيكلين.
تم تطبيق WGS على 24 سلالة كلبسيلا بعد أن تم التعرف عليها بواسطة MALDI TOF MS توفر كمية كبيرة من البيانات ، والتي يمكن أن تساعد في توضيح تطور جينات مقاومه الميكروب للمضادات الحيويه وجينات مقاومه الميكروبات وآليات المقاومة غير المعروفة في مصر.
وكانت النتائج كالتالى :
على مستوى الجين ، كانت المطابقة الأولى (النسبة المئوية الأكبر) لجميع العزلات دائمًا ”كلبسيلا ” ، والتي كانت تصنيف 97،88٪ من القراءات.
على مستوى الأنواع ، كانت المطابقه الأولى لجميع العزلات الأربع والعشرين هي ”K. quasipneumoniae. ”. حددت تحليلات MLST لعزلات 24 الكلبسيلا. الرئوية جميع السلالات في نوع تسلسل مميز (ST). تحتوي جميع السلالات على نفس الجينات السبعة (gapA (17) و infB (19) و mdh (66) و pgi (39) و pho (47) و rpoB (21) و tonB (53) برقم تسلسل جديد.
سته عشرون جين كليبسيلا تم الكشف عنهم بعد التحليل بواسطة أربع قواعد بيانات (CARD و AMR find و NCBI و RESfinder). تم الكشف عن 23 جينة مقاومة بواسطة CARD و 7 بواسطة AMR finder و 4 بواسطة NCBI وأربعة بواسطة RES finder
علاوة على ذلك ، فإن جميع العزلات تحتوي على جينات المقاومه المضادات الحيوية زكانزا كالتالى( ramA ، المنظم الإيجابي لـ AcrAB-TolC ، جين emrR ، Klebsiella_pneumoniae_KpnE ، KpnF ، KpnG ، KpnH ؛ Klebsiella_pneumoniae_acrA و acrB و acrd و kdeA و marA و Klebsiella_pneumoniae_ompK37
تم العثور على متغيرات oqxA و oqxB التي تمنح مقاومة الفينيكول / كينولون في جميع العزلات. احتوت جميع العزلات على جين fosA ، مما قلل من قابلية الإصابة بالفوسفوميسين. جميع السلالات تقاوم البنسلين ومجموعة B lactam باعتبارها جين هاربر جيد. على الرغم من أن جميع السلالات حساسة للجنتاميسين ، إلا أنها تحمل جينات مقاومة الأمينوغليكوزيد baeR و cbxA. علاوة على ذلك ، فإن جين msbA مسؤول عن مقاومة النيتروإيميدازول. مقاومة الببتيدات (bacitracin) المكتسبة من قبل جين bacA. علاوة على ذلك ، هناك ، تم تحديد 9 جينات مرتبطة بالفوعة في جميع السلالات الـ 24. تم العثور على جميع الجينات في جميع السلالات (100٪). تنتمي غالبية الجينات المرتبطة بالفوعة التي تم تحديدها إلى الالتزام (الجين المرتبط بـ ECP من الإشريكية القولونية) مثل (ykgKecpR (98.3 / 100). ، yagV.ecpE (99.74) ، yagW.ecpD (100/24) ، yagX.ecpC99 .92/24) ، yagY.ecpB (100 \ 24) ، yagZ.ecpA (99.32 / 24). علاوة على ذلك ، تم العثور على بروتين الغشاء الخارجي A (ompA) المرتبط بنظام إفراز T6SS-II لـ Klebsiella ، في جميع العزلات (100٪). تم العثور على المعوية النموذجية (entB و fepC) في جميع العزلات (100٪). تم تحليل النسخ المتماثلة البلازميدية في عزلات K. الرئوية باستخدام Plasmid Finder ، والتي تمثل عدم وجود بلازميد في جميع عزلات K. pneumoniae. سلالات الالتهاب الرئوي.