الفهرس 
IntroductionOnly 14 pages are availabe for public view
 |  | from | 196 |  |  |
| | | from | 196 | | |
Abstract
تهدفت الدراسة الحالية الكشف عن جينات الضراوة المشفرة للجزر المسببة للأمراض لعزلات المكورات العنقودية الذهبية كممرض. لتحقيق هذا الهدف ، تم عزل مجموعه 106 من عزلات المكورات العنقودية الذهبية من MUH مختلفة من أجل تحديد الفوعة على مجموعة واسعة من عزلات S. aureus السريرية. تم تحديد نمط المقاومة لجميع عزلات المكورات العنقودية ضد اثني عشر عامل مضاد للميكروبات. أظهرت جميع البقع المختبرة مقاومة لسيفاليكسين (100٪) تليها سيفيبيم 90.74٪، وكساسيللين 86.11٪ ، بيبيراسيلين / تازوباكتام 82.41٪ ، سيفترياكسون 79.63٪ ، أموكسيسيلين / حمض كلافولانيك 78.7٪. لوحظ وجود مقاومة معتدلة تجاه الجنتامايسين (44.44٪). إريثروميسين (37.96٪ ؛ 41/108) وسيبرو أكساسين 25.93٪ (28/108). بينما ، أقل بالنسبة للفانكومايسين ، ويفو أوكاسين ، وإيميبينيم بنسبة 23.14 ٪ ، 19.44 ٪ و 13.88 ٪ على التوالي. كان Imipenem هو المضاد الحيوي الأكثر فعالية ضد عزلات S. aureus. فيما يتعلق بمقاومة الميثيسيلين والفانكومايسين ؛ 69 عزلة كانت من MRSA (63.88٪) ، 24 عزلة كانت VRSA (22.22٪). اعتبرت العزلات الـ 15 المتبقية على أنها MSSA (13.88٪). تم إجراء الكشف عن بعض جينات الفوعة بين عزلات المكورات العنقودية المختبرة وتضخيمها على مجموع الحمض النووي من جميع عزلات المكورات العنقودية الذهبية البالغ عددها 106 عزلات. تم الكشف عن بروتين ناقل Permease MetQ / NIpA في 45 عزلة (31.9٪) تليها هيالورونات لياز (hys) و polysaccharide lyase (pLys) في 20 عزلة (14.2٪). بينما كانت chaperone GroEL و chaperonin GroEL و Integrase (int) و ktrB هي الأقل شيوعًا التي لوحظت في 14 عزلة (9.9٪). فيما يتعلق بظهور جينات الفوعة ، كانت الأكثر شيوعًا في الجروح (39.22٪) يليها الدم (21.57٪) ثم البول (9.8٪) والبلغم (7.84٪). بينما أقلها مسحة الفم (3.92٪) والبروستات والجهاز التنفسي (1.96٪).تم إجراء تحليل تسلسل النوكليوتيدات لمنتجات PCR المضخمة 862 ،708 ،493 ، 366، 340، 373 و 213 نقطة أساس. يتماشى منتج النوكليوتيدات المتسلسل 862 مع جين groEL الذي يشفر بروتين Chaperonin GroEL ، ومع جين grol الذي يشفر بروتين الصدمة الحرارية GroEL. يتماشى التسلسل 708bp مع ترميز الجين int مع Integrase وجين groEL وجين grol وجين ktrB (يشفر بروتين امتصاص البوتاسيوم). يرمز التسلسل 493 نقطة أساس مع جين hys إلى إنزيم Hyaluronate lyase ويرمز الجين pLys إلى إنزيم Polysaccharide lyase. يتماشى التسلسل 366bp و 340bp مع جين metQ الذي يشفر مع إنزيم Permease (بروتين ناقل MetQ / NIpA). سجلت هذه الدراسة تسلسل 17 نيوكليوتيد في منطقة كروموسومية 340 زوج قاعدي التي كانت مشابهة لموقع (att) لـ SaPI1 ؛ 5’- TATTTAGCAGGATAA-3 ’، تم إيداعه في GenBank ، رقم الانضمام U93687. يحتوي 340 bp أيضًا على موقع مرفق لـ transposon att Tn557. تم دمج SaPI1 بشكل كبير ونقله عن طريق التنبيغ في موقع معين من الينقولات. تشير محاذاة التسلسل لمنتجات PCR إلى أن البروتينات المترجمة محفوظة بشكل كبير في S. aureus ، حيث تشترك المتغيرات التسلسلية في حوالي 90 ٪ من الهوية على مستوى الأحماض الأمينية. يُظهر النيوكليوتيدات المترجمة 1 (862 نيوكليوتيد) هوية بنسبة 100٪ مع بروتين الصدمة الحرارية المرافقة GroEL S. aureus ، و 91٪ هوية مع المرافق GroEL. في حالة النوكليوتيدات المترجمة 2 (708 نيوكليوتيد) ، فإنه يحتوي على تكامل S. aureus وبروتين الصدمة الحرارية GroEL و chaperonin GroEL. للنيوكليوتيدات المترجمة 3 (493 نيوكليوتيد) و 4 (493 نيوكليوتيد) لها هوية 100٪ مع Hyaluronate lyase و polysaccharide lyase. النيوكليوتيدات المترجمة 5 (366 نيوكليوتيد) و 6 (340 نيوكليوتيد) محاذاة هوية 100٪ مع ناقل ABC لعائلة MetQ / NlpA.
باستخدام جهاز البحث عن ORF ، يتم محاذاة التسلسل 862bp و 708bp مع جين groEL الذي يشفر بروتين Chaperonin GroEL ، ومع جين grol الذي يشفر بروتين الصدمة الحرارية GroEL. تحتوي أيضًا على ORFs التي قامت بتشفير نفس البروتينات. (بروتين Chaperonin GroEL و groEL). يحتوي التسلسل 3 (493 نيوكليوتيد) والتسلسل 4 (493 نيوكليوتيد) المحاذاة مع Hyaluronate lyase و Polysaccharide lyase ، على ORFs التي تشفر نفس الإنزيمات. تم العثور على عناصر كروموسوم كاسيت العنقودية (SCC) أيضًا في 862 نيوكليوتيد و 708 نيوكليوتيد. في التسلسل 4 (493 نيوكليوتيد) ، يحتوي على ORF مشفر بـ Ligase (Met) و Peptidase M (ميثيونين أمينو ببتيداز). بالنسبة إلى التربيعات 366bp و 340bp ، قاموا بتشفير Pyrophosphorylase (nucleotidetransferase).
تسلسل أصغر: ”aaaaactattactaaaaatcaaaaatataca” بالتسلسل 3 (493 نيوكليوتيد) ، ORF1 يشفر بروتين LytTR من النوع المنظم النسخي SAB2242 ، تنظم عائلة LytR / AlgR التحلل الذاتي للخلية (IrgAB) وتتحكم في عوامل الفوعة. تشفير ORR2 ، Integrase [Staphylococcus phage L54a]. Bacteriophage L54a هي عاثية معتدلة تم حملها في الأصل كنقطة انطلاق في S. aureus PS54. تم تحليل العلاقة بين جميع الجينات المكتشفة ومجموعات النشوء والتطور باستخدام برنامج UPGAMA. كان النمط الأكثر شيوعًا هو P1 (23 عزلة) و P2 (13 عزلة) ، حيث كانت تحتوي على metQ و hys، pLys على التوالي. بالنسبة للنموذج P3 ، تم توزيعه على مجموعتين (P3a و P3b). تم تمثيل P3a بـ 8 عزلات بينما احتوى P3b على 6 عزلات. يشترك كلا النموذجين في إيواء نفس الجينات (metQ و Int و grol و groEL و KtrB) بالإضافة إلى جينات Hys و pLys في النمط P3b. لإنشاء العلاقة بين جينات الفوعة SaPI ، تم إنشاء شجرة الانضمام إلى الجوار التطوري باستخدام CLC Sequence Viewer 8.0. تمت ترجمة تسلسل النوكليوتيدات إلى تسلسل الأحماض الأمينية ثم تم أيضًا التعاقد مع شجرة النشوء والتطور بناءً على البروتينات المترجمة.